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Missing MCP Tools Inventory

追蹤 auto-paper Pipeline 需要但尚未實作的 MCP 工具。 用途：評估哪些需要內部開發、哪些可作為外部 MCP 協作。

狀態定義

狀態 說明
❌ 缺少 未實作且無替代
⚠️ 部分 有功能但缺 alias 或參數
🔸 外部 需外部 MCP Server

內部工具（需開發或補全）

⚠️ validate_concept_quick

  • 用途: 快速結構檢查（不跑完整 novelty 驗證）
  • Phase: 3 Concept, 5 Writing（section pre-check）
  • 現狀: validate_concept(structure_only=True) 參數已存在，但無 alias
  • 建議: 註冊為獨立 tool alias，方便 Agent 直接呼叫
  • Priority: LOW

❌ validate_for_section

  • 用途: 針對特定 section 驗證 concept 覆蓋度
  • Phase: 5 Writing（每個 section 開始前）
  • 現狀: draft-writing/SKILL.md 引用但未實作
  • 建議: 加入 validate_concept(section="Methods") 參數
  • Priority: MEDIUM

❌ parse_journal_profile

  • 用途: 解析期刊 submission guide → 結構化 YAML
  • Phase: 0 Pre-Planning
  • 現狀: 完全缺少
  • 建議: 新增 tool，輸入 PDF/URL/text → 輸出 journal-profile.yaml 草稿
  • 依賴: 需要 fetch_webpage MCP 或 PDF parser
  • Priority: HIGH（Phase 0 核心）

❌ load_journal_profile

  • 用途: 載入並解析 journal-profile.yaml，供所有 Hook 讀取約束條件
  • Phase: 所有 Phase 和 Hook
  • 現狀: 目前只能用 read_file 手動讀取 YAML
  • 建議: 新增 tool，自動解析並驗證 YAML schema
  • Priority: HIGH

❌ generate_review_report

  • 用途: Phase 7 Autonomous Review 的審查報告生成
  • Phase: 7 Autonomous Review
  • 現狀: 完全缺少
  • 建議: 可整合到 check_formatting 或獨立 tool
  • Priority: MEDIUM

❌ generate_cover_letter

  • 用途: 自動草擬 cover letter
  • Phase: 9 Export
  • 現狀: 完全缺少
  • 建議: 基於 concept.md + journal-profile 自動生成
  • Priority: LOW

❌ list_assets

  • 用途: 列出 project 中所有已生成的 assets（圖表）
  • Phase: 6 Audit（Hook C7）
  • 現狀: 完全缺少
  • 建議: 掃描 projects/{slug}/results/ 目錄
  • Priority: MEDIUM

⚠️ save_diagram_standalone

  • 用途: 儲存 Mermaid/drawio 圖表為獨立檔案
  • Phase: 5 Writing（Asset Sub-Pipeline）
  • 現狀: save_diagram(project, content, name) 參數在 SKILL 引用但工具可能不完整
  • 建議: 確認 save_diagram tool 是否已完整實作
  • Priority: MEDIUM

外部 MCP Server（需找或開發）

🔸 fetch_webpage / PDF Parser

  • 用途: Phase 0 解析期刊 submission guide（URL 或 PDF）
  • Phase: 0 Pre-Planning
  • 候選: VS Code 內建 fetch_webpage（deferred tool），或專用 PDF parser MCP
  • Priority: ⭐ HIGH
  • Notes: fetch_webpage 已在 deferred tools 列表中，可直接使用

🔸 meta-analysis MCP

  • 用途: forest plot, funnel plot, I² heterogeneity, meta-regression
  • Phase: 5 Writing（Asset Sub-Pipeline，meta-analysis paper type）
  • 候選: 需自建或找社區 MCP
  • Fallback: R/Python script 描述 + 用戶手動執行
  • Priority: ⭐ HIGH（meta-analysis paper type 核心需求）

🔸 drawio MCP

  • 用途: CONSORT flow diagram, PRISMA flow diagram, study flow
  • Phase: 5 Writing（Asset Sub-Pipeline）
  • 候選: start-drawio.sh 已存在於 scripts/，可能有對應 MCP
  • Fallback: Mermaid 文字描述
  • Priority: ⭐ MEDIUM

🔸 CGU MCP

  • 用途: deep_think, spark_collision, generate_ideas, multi_agent_brainstorm
  • Phase: 3 Concept, 7 Review（論點強化）
  • 候選: integrations/cgu/ 目錄已存在
  • Priority: ⭐ MEDIUM

🔸 Grammar Checker MCP

  • 用途: 英文學術文法 + 風格檢查
  • Phase: 7 Autonomous Review
  • 候選: LanguageTool MCP, Grammarly API
  • Fallback: Agent 內建語法能力（品質較低）
  • Priority: ⭐ MEDIUM

🔸 Plagiarism Checker MCP

  • 用途: 偵測過度相似的文字（含自引用比例）
  • Phase: 7 Autonomous Review
  • 候選: iThenticate API（需機構授權）
  • Fallback: Agent 自查 + 引用密度分析
  • Priority: ⭐ LOW

🔸 Readability Scorer MCP

  • 用途: Flesch-Kincaid, Gunning Fog 等可讀性量化
  • Phase: 7 Autonomous Review
  • 候選: 可用 Python library 簡單實作
  • Fallback: Agent 主觀評估
  • Priority: ⭐ LOW

🔸 Image Optimizer MCP

  • 用途: 圖片 DPI/格式轉換（TIFF, EPS for print）
  • Phase: 9 Export
  • 候選: ImageMagick wrapper
  • Fallback: 用戶手動轉換
  • Priority: ⭐ LOW

🔸 LaTeX Renderer MCP

  • 用途: 公式 / 特殊表格渲染
  • Phase: 9 Export
  • 候選: KaTeX, MathJax
  • Fallback: Word 公式編輯器
  • Priority: ⭐ LOW

未實作的基礎設施（非 Tool，但 Pipeline 引用）

功能 說明 Priority
.audit/ 檔案生成 Pipeline 定義了 audit trail 格式但無程式碼自動產出 HIGH
checkpoint.json 存讀 斷點恢復邏輯（save/restore）僅在 SKILL 描述 HIGH
Hook 效能追蹤 hook-effectiveness.md 累積統計，需跨對話持久化 MEDIUM
Quality Scorecard 計算 0-10 分量化邏輯，目前依賴 Agent 主觀打分 MEDIUM
Review Round 持久化 review-round-{N}.md 跨對話保存 MEDIUM

開發優先級排序

P0 — Pipeline 核心（缺少會阻擋 Pipeline）

  1. load_journal_profile — 所有 Hook 和 Phase 的約束來源
  2. parse_journal_profile — Phase 0 核心
  3. .audit/ infra — 審計基礎
  4. checkpoint.json infra — 斷點恢復

P1 — 品質提升（缺少會降低品質但不阻擋）

  1. validate_for_section — section 級 concept 檢查
  2. list_assets — 圖表計數（Hook C7）
  3. generate_review_report — 結構化審查報告
  4. fetch_webpage — 已在 deferred tools，需驗證可用性

P2 — 外部 MCP 協作

  1. meta-analysis MCP — forest/funnel plot
  2. drawio MCP — flow diagrams
  3. cgu MCP — concept enhancement
  4. grammar-checker MCP — 學術寫作品質

P3 — Nice to Have

  1. generate_cover_letter
  2. readability-scorer MCP
  3. image-optimizer MCP
  4. latex-renderer MCP
  5. plagiarism-checker MCP