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五分鐘開始

MedPaper Assistant 的安裝入口可以不同，但研究 workspace 與品質契約相同。先選 Agent surface，再建立 project；不要從直接改寫 draft.md 開始。

選擇你的入口

flowchart TD
    Start([你在哪裡工作？]) --> VS{VS Code？}
    VS -->|是| Ext[安裝 VSIX<br/>使用 Copilot commands]
    VS -->|否| Agent{Agent 支援 repo skills？}
    Agent -->|Claude Code| Claude[讀取 CLAUDE.md<br/>.claude/skills]
    Agent -->|Codex / OpenClaw| Shared[讀取 AGENTS.md<br/>.agents/skills]
    Agent -->|其他 MCP client| MCP[設定 mdpaper MCP server]
    Ext & Claude & Shared & MCP --> Workspace[建立或選擇 project]
Surface Discovery 適合情境
VS Code extension bundled agents、skills、commands 完整圖形介面與安裝體驗
Claude Code CLAUDE.md + .claude/skills/ Claude 原生技能路由
Codex / OpenClaw AGENTS.md + .agents/skills/ 共用 repo-level harness
通用 MCP client MCP server configuration 只需要工具 surface

開發安裝

./scripts/setup.sh
uv run med-paper-assistant

./scripts/setup.ps1
uv run med-paper-assistant

uv sync --only-group docs
uv run --no-sync mkdocs serve

uv 是 dependency 與 lockfile 的唯一 Python 路徑；不要做 global pip install。

第一個研究 project

sequenceDiagram
    autonumber
    actor R as Researcher
    participant A as Agent
    participant M as mdpaper MCP
    participant P as Project workspace

    R->>A: 描述研究問題與預期產出
    A->>M: 建立 exploration 或 project
    M->>P: 寫入 config、concept、memory
    A->>M: 執行文獻與來源盤點
    M->>P: 保存 verified references / receipts
    A-->>R: 提交 novelty 與範圍判斷
    R->>A: 核准 manuscript plan
    A->>M: 逐 section 撰寫與 hooks
    M->>P: draft + audit + checkpoints
    A-->>R: 審閱成品與 export

最小成功條件

  • 已選定 output profile，而不是只寫「paper」。
  • Claim evidence、method authority、exemplar、user material 已分角色。
  • 文獻經過 verified metadata 或明確 fallback 標記。
  • Concept validation 足以支援要寫的 section。
  • Draft 透過 MCP writing route 更新，讓 hooks 與 checkpoint 生效。

常見下一句

你不需要記住 118 個工具名稱。用意圖描述即可：

  • 「建立一個 systematic review project，先做範圍探索。」
  • 「搜尋這個 PICO 的 PubMed 文獻，保存 verified metadata。」
  • 「這三篇只當作結構範文，不可當證據。」
  • 「先驗證能不能寫 Introduction，再開始 draft。」
  • 「執行完整 review hooks，說明每個失敗項怎麼修。」

恢復既有工作

flowchart LR
    Resume[新對話 / 繼續] --> State[get_workspace_state]
    State --> Project[get_current_project]
    Project --> Session{有 writing session？}
    Session -->|有| Context[恢復 section、plan、notes、refs]
    Session -->|無| Next[依 next_action 繼續]
    Context --> Next

工作狀態存在 .mdpaper-state.json，長期 project memory 則在 projects/{slug}/.memory/。兩者用途不同，詳見 Workspace 與記憶。

不要繞過 harness

直接用一般文字編輯工具改 draft，可能跳過 citation validation、protected content、checkpoint 與 writing hooks。正式寫作應使用 MCP draft actions。