研究管線總覽¶

Pipeline 把「寫一篇論文」拆成可稽核的階段。每一階段都有輸入、輸出、gate 與可恢復狀態；Agent 可以自主推進，但不能假裝缺少的 evidence 已存在。

Phase 地圖¶

flowchart LR
    P0[0 Intake] --> P1[1 Project]
    P1 --> P2[2 Literature]
    P2 --> P21[2.1 Full text]
    P21 --> P3[3 Concept]
    P3 --> P4{4 Plan approval}
    P4 --> P5[5 Draft sections]
    P5 --> P6[6 Manuscript hooks]
    P6 --> P65[6.5 Assets]
    P65 --> P7{7 Review loop}
    P7 -->|rewrite| P5
    P7 --> P8[8 Reference sync]
    P8 --> P9[9 Export]
    P9 --> P10[10 Meta-learning]
    P10 --> P11[11 Delivery]

    classDef gate fill:#f59e0b,color:#17202a,stroke:#b45309
    class P4,P7 gate

Phase 0–11 加上 6.5 是主要 checkpoint surface；2.1 是文獻階段內的全文／來源材料 sub-gate。完整規格見 Auto-Paper 指南。

每階段產出什麼¶

階段	核心問題	主要 artifact	Gate 證據
0 Intake	有哪些資料與限制？	source inventory、ingestion receipts	檔案存在且角色明確
1 Project	寫什麼類型？	config、concept skeleton	profile 可解析
2 / 2.1 Literature	有哪些可用證據？	references、fulltext status	verified metadata、來源狀態
3 Concept	問題值得且可寫嗎？	concept validation	required sections、novelty if applicable
4 Plan	寫作順序與資產是什麼？	manuscript plan	人工核准
5 Draft	每節是否有足夠依據？	section drafts	section approval + hooks
6 / 6.5 Quality	全稿與圖表是否一致？	hook reports、assets	C/F checks
7 Review	批判性審閱是否閉環？	review report、author response	R1–R6 hard gate
8 Reference sync	引用是否可解析？	citation audit	wikilinks、budget、distribution
9 Export	成品是否真的有效？	DOCX / PDF	header/trailer/token smoke
10 Learning	本輪學到什麼？	D1–D9 analysis	provenance-matched audit
11 Delivery	是否可交付？	final checklist	所有前置 gate 通過

寫作與回退¶

stateDiagram-v2
    [*] --> SectionBrief
    SectionBrief --> DraftSection
    DraftSection --> SectionHooks
    SectionHooks --> DraftSection: fail / revise
    SectionHooks --> SectionApproved: pass
    SectionApproved --> NextSection
    NextSection --> SectionBrief
    NextSection --> ManuscriptHooks: all sections complete
    ManuscriptHooks --> DraftSection: targeted rewrite
    ManuscriptHooks --> ReviewRound: pass
    ReviewRound --> DraftSection: request_section_rewrite
    ReviewRound --> ExportReady: R1–R6 pass

回退不是失敗，而是 pipeline 的正式 transition。Phase 7 可以指定 sections 與 reason 回到 Phase 5；同一區域回退過多時，系統會要求研究者介入。

暫停、恢復與 checkpoint¶

sequenceDiagram
    participant A as Agent
    participant C as CheckpointManager
    participant W as Workspace
    participant R as Researcher

    A->>C: checkpoint phase / section context
    C->>W: state + draft hash + audit event
    R->>A: pause_pipeline(reason)
    A->>C: persist paused state
    Note over W: Researcher may edit files
    R->>A: resume_pipeline()
    A->>C: compare current hash
    C-->>A: changed sections + suggested revalidation
    A-->>R: resume plan with explicit checks

自動化的邊界¶

Autopilot 可以自我審閱 section、執行 hooks、決定一次合理回退；但不能：

自動改寫 CONSTITUTION 原則。
把範文轉成 claim evidence。
在缺少全文或資料時捏造結果。
跳過 Phase 4 的 manuscript plan 人工核准。
在 Phase 7 review gate 未閉環時宣稱 final。

管線是可重組的

你可以從任一已驗證 checkpoint 繼續，不必每次從 Phase 0 重跑。可拆解、可回退、可重組正是 artifact-centric architecture 的核心。