Workspace 與記憶

Agent 的 context window 會結束，但研究 project 不應失憶。MedPaper Assistant 把短期 session state、project memory、repo memory 與 audit evidence 分層保存。

Project 結構

flowchart TB
    Project[projects/{slug}/] --> Config[config.yaml]
    Project --> Concept[concept.md]
    Project --> Refs[references/]
    Project --> Full[fulltext / source receipts]
    Project --> Drafts[drafts/]
    Project --> Assets[assets/]
    Project --> Audit[.audit/]
    Project --> PMemory[.memory/]

    Refs --> Meta[verified metadata]
    Refs --> Notes[agent_notes / user notes]
    Drafts --> Sections[section files / manuscript]
    Audit --> Hooks[hook reports]
    Audit --> Telemetry[tool telemetry]
    Audit --> Exemplars[exemplar usage]
    PMemory --> Active[activeContext.md]
    PMemory --> Progress[progress.md]

實際 skeleton 會依 output profile 與 project 類型調整；.audit/ 與 .memory/ 的語義不變。

四種 state

flowchart LR
    Session[Session state<br/>.mdpaper-state.json] -->|resume| Agent
    Project[Project memory<br/>projects/*/.memory] -->|domain context| Agent
    Repo[Repo memory<br/>memory-bank/] -->|engineering context| Agent
    Audit[Audit state<br/>projects/*/.audit] -->|proof| Agent
    Agent --> Session & Project & Repo & Audit

State	時間尺度	保存內容	不應保存
Session	分鐘到跨對話	doing、next action、writing section	長期設計決策全文
Project memory	研究生命週期	focus、references、decisions、memo	repo release 細節
Repo memory	開發生命週期	架構、進度、決策、技術債	單一論文的敏感資料
Audit	永久可追溯	invocation、hooks、exemplar、evolution	未標示來源的自由敘述

寫作 checkpoint

sequenceDiagram
    autonumber
    participant A as Agent
    participant W as Writing tool
    participant S as State store
    participant F as Draft files

    A->>W: write_draft / patch_draft
    W->>F: validate and persist content
    F-->>W: content hash
    W->>S: auto-checkpoint writing_session
    S-->>A: section + plan + notes + refs
    Note over A,S: New conversation
    A->>S: get_workspace_state
    S-->>A: writing session banner + next action

段落切換前可以保存更細的 checkpoint_writing_context(section, plan, notes, refs)；成功的 draft write/patch 會自動更新 writing session。

Verified、Agent、User 三層內容

flowchart TB
    Locked[🔒 VERIFIED<br/>PubMed original] --> Reference[Reference artifact]
    Agent[🤖 AGENT<br/>analysis notes] --> Reference
    User[✏️ USER<br/>human notes] --> Reference
    Reference --> Draft
    Locked -. immutable .-> Guard[Protected content guard]
    User -. AI does not overwrite .-> Guard

這三層不是視覺標籤而已。Agent 可以新增自己的分析，但不能改寫 verified metadata 或人類筆記來讓引用看起來更支持某個結論。

Memory checkpoint 何時觸發

• 對話超過 10 輪。
• 修改超過 5 個檔案。
• 完成重要功能或研究 phase。
• 研究者要離開或明確要求存檔。
• 發現關鍵文獻、重大決策或需要下一輪處理的問題。

Memory 與 audit 的差別

Memory 回答「下一步怎麼接續」；audit 回答「為什麼相信這個結果」。兩者都重要，但不能互相替代。